Muzeum św. Jana Pawła II w Krakowie rozpoczęło swoją działalność 23 czerwca 2013 roku, w dniu konsekracji Kościoła Górnego Sanktuarium św. Jana Pawła II w Krakowie na „Białych Morzach”.
Do 29 lutego 2020 roku jego pełna nazwa brzmiała: Muzeum Archidiecezjalne Świętego Jana Pawła II. Było wówczas filią Muzeum Archidiecezjalnego Kardynała Karola Wojtyły w Krakowie.
Decyzją ks. arcybiskupa Marka Jędraszewskiego, Metropolity Krakowskiego, od 1 marca 2020 roku bezpośrednią opiekę nad tym miejscem oraz powierzonymi zbiorami sprawuje Centrum św. Jana Pawła II „Nie lękajcie się!” w Krakowie.
Dzisiaj Muzeum – wśród innych tego typu placówek – wyróżnia się bogatą i unikatową kolekcją pamiątek oraz obiektów bezpośrednio związanych z Osobą Papieża – Polaka. Należą do nich, m.in. przedmioty osobistego użytku Ojca Świętego oraz tzw. dary papieskie (prywatne, drobne pamiątki czy wartościowe dzieła sztuki) ofiarowane Janowi Pawłowi II podczas Jego 27-letniego pontyfikatu, w trakcie licznych podróży apostolskich oraz spotkań ze znamienitymi gośćmi.
Ojciec Święty zbiory te przekazywał stopniowo, głównie pod koniec XX i na początku XXI wieku. Po Jego śmierci ks. kard. Stanisław Dziwisz (osobisty sekretarz papieża, inicjator powstania i budowy Centrum Świętego w Krakowie) przekazał dużą część obecnej kolekcji.
Placówka twórczo upamiętnia myśl, nauczanie, biografię oraz szeroko rozumianą spuściznę Papieża – Polaka.
